桐树软组织肉瘤基因检测Panel“挑战”金标准，战况如何？

软组织肉瘤(STS)是一种已经被确定组织学亚型超过70多种的恶性肿瘤。而不同亚型病理表现相似，影像学分布紊乱，给诊断带来很大困难。诊断错误往往导致治疗错误和预后不良。随着分子病理学的发展，STS基因谱不仅有助于了解其发病机制，而且提高了病理分型的准确性。其中，基因融合类型和STS形态亚型之间的密切关联使基因融合成为一个非常有用的诊断标记。NCCN指南和WHO均推荐基因融合作为STS的辅助诊断指标。

对来自35例STS患者的组织标本，包括9例肺泡样软组织肉瘤 (ASPS)、4例尤文氏肉瘤(ES)、8例滑膜肉瘤(SS)、9例隆突性皮肤纤维肉瘤(DFSP)和5例粘液样脂肪肉瘤(MLPS)，用桐树研发的基因检测Panel进行NGS检测，并且对这些样本分别进行FISH (被视为基因融合检测的“金标准”)和sanger测序验证比较。

97.14%(34/35)成功检测到基因融合阳性事件。NGS与常规方法FISH以及sanger的符合率高达94.12%(32/34)。

桐树该STS基因检测Panel测序通过率高达100%，每次合格的测序平均产生20万个独特的reads。如表1所示，本研究鉴定最多的基因融合为COL1A1-PDGFB (n=16)，其次为SS18|SSX1 (n=8)和ASPSCR1-TFE3 (n=8)。SS18|SSX1融合均发生在SS样本SS18外显子10和SSX1外显子6之间，而8个ASPSCR1-TFE3融合中，5份为外显子7/5融合，3份为外显子7/6融合。COL1A1-PDGFB不仅在不同的STS类型(包括ASPS (n=1)、ES (n=2)、SS (n=1)、DFSP (n=9)和MLPS (n=3)中被发现，而且还表现出更多的变异亚型。NGS在ES中发现的其他基因融合包括EWSR1-ERG外显子7/10融合(n=1)和EWSR1-FLI1外显子7/6融合(n=3)。此外，我们还在MLPS中分别发现了FUS-DDIT3外显子5/2、7/2和8/2外显子融合各1例。

表1. NGS与Sanger/FISH鉴定基因融合结果及一致性

所有常见的STS中典型的基因融合，包括ASPS、ES、SS、DFSP和MLPS，在我们的研究中都被NGS识别。比如：

在所有ASPS（n=8）样本中都识别到了其主要的易位，ASPSCR1-TFE3融合；在4例ES中分别鉴定出EWSR1-ERG（n=1）和EWSR1-FLI1（n=3）融合，并与以往报道的发生率相仿；对于主要特征是第18染色体上的SS18 (SYT)基因与X染色体上的一个SSX基因融合的SS样本，NGS结果显示所有8个SS样本均存在10/6 SS18-SSX1外显子融合；对特征是17号染色体上的COL1A1基因与22号染色体上的PDGFB基因融合的DFSP，在8个DFSP样品中，NGS检测到不同的COL1A1-PDGFB外显子融合模式。而大多数MLPS患者表现出特定的染色体易位，导致FUS和DDIT3基因重排，编码嵌合转录因子。NGS结果显示在3例MLPS病例中分别发现了FUS-DDIT3外显子5/2融合、7/2外显子融合和8/2外显子融合。

所有8个COL1A1-PDGFB FISH阳性样本经NGS也均为COL1A1-PDGFB阳性，一致性为100%。此外，NGS在两个FISH阴性样本（1例ES、1例SS）中发现COL1A1-PDGFB融合，这表明NGS在检测该变体方面更敏感。在2例SS18-SSX1外显子10/6融合的SS（图1）和1例FUS-DDIT3外显子5/2融合的MLPS（图2）中，NGS和FISH结果也一致。

图1.一例代表性的SS病例的结果

图2. 代表性MLPS病例的结果

在其他未进行FISH检测的STS样本中，Sanger测序和NGS也与检测基因融合亚型一致（100%）。有趣的是，在两个ASPSCR1-TFE3外显子7/5融合的ASPS样本中，TFE3的ICH检测也呈阳性，表明ICH、Sanger测序和NGS之间的一致性(图3)。

图3. 一例有代表性的ASPS病例的结果

• 结果显示，与金标准FISH检测或sanger相比较，所有对病理诊断具有高度特异性的基因融合桐树基因的STS基因检测panel都能够准确地识别(100%)；

• 同时，研究指出基于NGS的panel检测在准确性和灵敏度方面优于传统方法（包括金标准FISH检测）在助力STS诊断和临床监测方面具有巨大潜力。

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桐树基因是一家以科技创新为核心、专注于肿瘤精准分子诊断的高科技企业。总部位于上海宝山城工科技绿洲，已分别在上海和常州设立符合GMP标准的生产中心和国际标准的医学临检中心。

 

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桐树基因始终坚持“创新•为肿瘤患者创造价值”的宗旨，集肿瘤分子诊断研发、生产、销售一体化，依托“多平台布局”策略，以NGS微量建库技术为核心壁垒的基因检测服务、以肿瘤基因组学标本库为基础的大数据转化研究中心构筑了竞争优势。自主研发的微卫星不稳定检测试剂盒于2021年1月获国内MSI检测首张三类医疗器械注册证，填补了国内精准诊疗领域的空白，造福国内300万肿瘤患者。

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